Ein Gutachten aus dem Jahr 2009 bescheinigte dem Goldensee eine zu hohe Nährstoffbelastung. Dadurch kam es im Sommer immer wieder zu massivem Algenwachstum. Hauptursache ist der über Jahrzehnte in den See eingespülte Phosphor. Der stammt aus Düngemitteln der umliegenden Ackerflächen und aus der Kläranlage Mustin.

Das Wasser trübt sich und dem Gewässer fehlt Sauerstoff. Nachdem im Einzugsgebiet teilweise Acker in Grünland umgewandelt und die Kläranlage Mustin nachgerüstet wurde, konnte mit der Sanierung des Sees begonnen werden. Vom Herbst 2017 bis Frühjahr 2018 nahm eine beauftragte Fachfirma eine umfangreiche Aluminiumfällung vor. Dadurch konnte der Phosphor am Seeboden gebunden werden. Da der See mit dem Schaalsee verbunden ist, verbessert sich auch bei diesem die Wasserqualität.